生物有機肥生產工藝的關鍵是造粒方式的選擇，根據生產工藝要求，目前生物有機肥常用的造粒方式主要有圓盤造粒和擠壓造粒二種。因不同的 造粒方式對原料的要求不同，故生物有機肥的生產工藝存在差異。目前，國內生物有機肥的生產工藝主要有以下幾種。

圓盤混合造粒流程


圓盤混合造粒工藝流程如圖所示。原料干燥除去一定水分后（干燥時，即對原料進行了滅菌處理）進行破碎，然后加入一定量酸堿調節載體pH后與無機肥部分混合均勻，送入圓盤造粒機， 在成粒過程中噴入一定量菌劑，成粒的產品再進行 低溫烘干、篩分后，即可得成品。

混合后擠壓造粒流程

混合后擠壓造粒流程簡圖如上。原料干燥到含水量低于10%后，破碎，然后與酸堿調節劑、無機化肥、微生物菌劑混合均勻后，送入造粒機造粒，過篩后即得產品。

擠壓造粒后噴加菌劑流程

擠壓造粒后噴加菌劑流程簡圖如上。工藝流程與混合后擠壓造?；鞠嗤?，但微生物菌劑 的加入是在成粒后。

菌劑粒子與化肥粒子分開造粒后再混合流程

菌劑粒子與化肥粒子分開造粒后再混合流程簡圖如上。為了減少化肥對微生物菌劑的影響， 先將載體與菌劑造粒后，存放至中間料倉，再與載體和無機肥造粒后的粒子混合，后得產品。